实测内容
01常规组织样本
采用贝普奥SISPROT前处理试剂盒进行蛋白样品前处理的常规组织样本主要为动、植物组织及大型真菌。一般来说，常规动物组织样本（图1）采用SISPROT进行前处理，蛋白鉴定水平可以稳定达到平均6000种左右。其中，对植物物种组织进行蛋白质组学SISPROT前处理和蛋白检测，可鉴定到4000-5500种左右的蛋白质；此外在大型真菌样本中可以鉴定到4000+种蛋白质。对于植物或大型真菌样本来说，其蛋白鉴定水平本身经常会受到物种间差异或物种自身数据库完整性的影响，但同时，相同样本不同重复间的数据一致性也体现了SISPROT前处理性能的稳定性。值得注意的是，在动物组织中比较常见的问题是进行蛋白提取时裂解不充分从而影响最终的鉴定结果，这里建议参考SISPROT前处理试剂盒详细版说明书进行组织样本的充分裂解。
图1. SISPROT处理动物组织蛋白鉴定水平
图2. SISPROT处理植物组织、大型真菌蛋白鉴定水平
02显微切割组织样本（LCM）
随着空间组学（Spatial omics）的兴起和蛋白质组学技术突飞猛进的发展，越来越多的研究人员关注和进行空间蛋白质组学相关研究。在空间蛋白质组中，常规的几种切片类型主要是冰冻切片、HE染色切片和FFPE切片。对这三种类型切片（冰冻切片切片厚度一般为10 μm，HE染色切片和FFPE切片为4 μm）经过显微切割获得的总面积为m㎡级的样本可采用SISPROT进行微量样本前处理，蛋白质种类鉴定量一般可以稳定达到6000种以上。
图3. SISPROT处理常规LCM样本蛋白鉴定水平
03外泌体样本
外泌体天然存在于体液中，通过循环系统到达不同细胞与组织，可参与到机体免疫应答、抗原呈递、细胞迁移、细胞分化、肿瘤侵袭等方方面面。因此科研人员对外泌体的功能和应用研究的兴趣也日益增长。但由于从体液中分离出的外泌体相对较少，常规方法难以做到深度蛋白质组检测，因而也限制研究视角。在测试样品中，利用SISPROT针对微量样品的优势，分别对两种典型来源的外泌体样本蛋白进行了样品前处理，约5 μg左右不同起始量的血浆来源外泌体样品中稳定鉴定出约4000种蛋白质，细胞来源外泌体样本中可鉴定达到6500+种蛋白质，外泌体Marker蛋白如CD63、CD81、ALIX、SDCBP、TSG101等均被灵敏检出且排名在前50%以内。
图4. SISPROT处理外泌体样本蛋白鉴定水平
04特殊微量样本
随着单细胞多组学和空间组学的广泛应用和发展，对组织中细胞的空间、高分辨率的分析将是未来几年生物学的主要前沿方向之一。这里的两个实测样本类型分别是亚细胞级LCM样本和ng级蛋白起始量的细胞样本。
对于单细胞甚至亚细胞级别的LCM样本，受限于切割成本，收集到的组织切片总面积通常为μ㎡级别，对于这种高精度的样本收集，其难度和样本珍贵程度不言而喻。采用SISPROT进行几乎无损的极微量LCM样品前处理，仅4 μm厚、20000 μ㎡（0.02m㎡）的切片组织样本可以检出接近3000种蛋白质。
通过流式分选和Marker标记获得目标细胞亚型的精细化研究场景已不鲜见。在此案例中，通过流式分选获得的仅约100个细胞或10 ng蛋白起始量的细胞样本，采用SISPROT进行极微量样本前处理，可稳定鉴定到3000种以上蛋白质，其中膜蛋白的检出数量占比可以稳定达到20%以上，包含CD81、CD38、CD40等低丰度膜蛋白，体现出SISPROT对极微量样品前处理的高深度、高灵敏度以及强稳定性。
图5. SISPROT处理特殊极微量样本蛋白鉴定水平
总结
综合上述，以上的实测案例和数据统计分析无不体现SISPROT蛋白样本前处理方案的对样本类型多样化的兼容性、微量/极微量样本处理的高灵敏度和强稳定性。此外不得不提的一点是，采用SISPROT试剂盒进行蛋白样品全处理只需要搭配一台离心机和一把移液枪，就可以在2小时内批量处理几十个样本，得到高纯净度低背景的多肽样品，并可直接用于质谱上机。因此，相比于传统过夜酶解的蛋白前处理方案，SISPROT前处理方案的便捷高效也是其极具特色的技术优势之一。
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深圳市贝普奥生物科技有限公司是一家于2022年1月在深圳成立的蛋白质组学研发型高科技公司。作为蛋白质组学上游市场解决方案提供商，公司致力于对蛋白质组学领域的研发成果进行商业开发及转化。团队以受多项专利保护的蛋白质组学前处理系列产品为切入点，通过临床功能蛋白质组学技术平台为目标市场提供全流程解决方案。
公司核心成员在蛋白质组学、肿瘤生物学领域获得重大科研成果，超半数员工拥有博士、硕士学位及海外研究经历。充满创造力的团队立足于大湾区，服务全球，专注于降低蛋白质组学分析技术难度，提升其在创新标志物和创新药物研发全链条中的应用，以蛋白质组学技术为重大疾病提供精准诊疗策略。
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