近日，南方科技大学Chris Soon Heng Tan教授团队、田瑞军教授团队在Chemical Science(IF: 9.969)上发表了全新的自动化蛋白质组学样本制备平台autoSISPROT，实现了在2.5小时内完成96个样本的蛋白质组学前处理工作。与经典热蛋白质组学相比，通量提升了10倍，autoSISPROT为蛋白质组学样本制备和药物靶点筛选提供了可靠的高通量解决方案。
基于质谱的蛋白质组学已经在药靶筛选中得到了广泛应用，对蛋白质组学样本前处理带来了极大的挑战。传统手工操作处理数百个样本不仅耗时长，而且容易引入批次效应影响整体结果。因此亟需一种自动化、高通量的前处理平台以满足大队列蛋白质组学及药物靶标筛选的需要。
图1. autoSISPROT工作流程示意图
autoSISPROT平台性能展示：
高稳定性，批次内相关系数>0.99
autoSISPROT平台是基于田瑞军教授课题组前期开发的专利技术SISPROT开发的一套蛋白质组高通量样本前处理平台。SISPROT技术可以完全集成样本上样、蛋白质还原、烷基化、酶解、TMT标记（可选）和脱盐步骤于一体。作者将SISPROT搭载在AssayMAP Bravo自动化平台上，实现在2.5小时内自动化完成96个样本的蛋白质组学前处理工作，全程无需人工干预。通过对比autoSISPROT平台和手动SISPROT的差异，以及autoSISPROT平台同时处理96个样本的批次内和批次间的重现性。作者发现，autoSISPROT带来的操作误差更小、重复性更高，并且在批次内和批次间都表现出了极高的稳定性，批次内皮尔森相关系数大于0.99，批次间大于0.91。
图2. autoSISPROT性能展示
autoSISPROT实测：
成功鉴定到12种激酶抑制剂已知靶点
为了评估autoSISPROT是否能够实现高通量药物靶标筛选，作者将autoSISPROT与diaCETSA结合，对24种药物的靶标进行识别筛选。与传统的热蛋白质组学相比，autoSISPROT将样本数量从960个减少到87个，前处理时间从2天减少到2.5小时，显著提升了药靶筛选的效率。结果表明，成功在20种激酶抑制剂中鉴定到了12种的已知靶点。此外，autoSISPROT平台还能够对潜在的非药物靶点进行高通量识别，并通过PRM靶向蛋白质组学验证。
图3. 结合autoSISPROT和diaCETSA识别激酶抑制剂的药物靶点
综上所述，作者基于SISPROT技术进一步开发了自动化平台autoSISPROT，实现了2.5小时内同时处理96个样本。通过将autoSISPROT与CETSA-MS结合，使用DIA数据采集模式，进一步提高了药靶筛选的通量，大大提高了药物开发工作成功的可能性。
贝普奥生物自动化样本前处理解决方案
为了促进蛋白质组学在临床大队列研究、药物靶点筛选等场景的应用，贝普奥生物推出自动化蛋白质组学样本前处理解决方案，包括自动化样本前处理试剂盒、自动化工作平台。通过将贝普奥生物独家专利的SISPROT试剂盒与自动化工作平台结合，实现单天完成超过300个样本的蛋白质组学前处理工作，周间批次皮尔斯相关系数大于0.93。详情可咨询贝普奥生物驻地销售经理或联系公众号后台。
关于贝普奥生物
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深圳市贝普奥生物科技有限公司是一家于2022年1月在深圳成立的蛋白质组学研发型高科技公司。作为蛋白质组学上游市场解决方案提供商，公司致力于对蛋白质组学领域的研发成果进行商业开发及转化。团队以受多项专利保护的蛋白质组学前处理系列产品为切入点，通过临床功能蛋白质组学技术平台为目标市场提供全流程解决方案。
公司核心成员在蛋白质组学、肿瘤生物学领域获得重大科研成果，超半数员工拥有博士、硕士学位及海外研究经历。充满创造力的团队立足于大湾区，服务全球，专注于降低蛋白质组学分析技术难度，提升其在创新标志物和创新药物研发全链条中的应用，以蛋白质组学技术为重大疾病提供精准诊疗策略。
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