创新性的引入多色免疫荧光,同时兼容H&E染色等多种染色方式,通过将自动化全视野的AI智能识别成像系统、定位系统与显微切割系统整合为一体,进行自动化精准定位、导航和切割,在高深度蛋白质组检测的同时获取单细胞分辨率的精准空间位置信息,实现目标细胞类型、目标蛋白表达的空间可视化。
基于空间可视化蛋白质组项目专用的空间膜片,可以衔接染色成像和显微切割两套系统,实现同一张切片进行全流程的空间可视化蛋白质组检测。因此正式切片样本应提前联系我们获取专用空间膜片进行贴片后送样,已经置于普通病理玻片上的切片样本无法进行完整的空间可视化蛋白质组检测。
空间可视化蛋白质组项目关注明确的目标区域或细胞类型。为了判断是否可以精准定位到切片区域、是否可以区分正确的目标区域/细胞类型、能否进一步制定出可执行的显微切割方案,需要通过预实验确定切片方向和切片深度,以及切片染色方案和成像效果。综上,从组织块样本出发的预实验流程包含切片、染色、成像和分析4个环节,预实验具有一定摸索性且可能周期较长;从染色后的切片样本出发(且切片贴于空间组学专用膜片),仅需成像和分析2个环节,在对成像进行质控分析合格后即可立即开展正式实验。
(1)比较相同切片不同区域,即同一张切片上可以切割收集多管样品,进行不同组织微环境区域/不同细胞类型之间的蛋白质表达谱比较。(2)比较不同时空状态或不同实验处理的组织切片样本中相同区域的蛋白质表达谱变化。
建议至少设置3个重复,可以是技术重复,也可以是生物学重复。显微切割收集1管样本为1个样本。1管样本的切割收集总面积建议在0.3mm2以上,一般为相同切片上的几个-几十个最小目标切割单元/区域的面积总和。
建议用石蜡包埋或OCT包埋。石蜡包埋,一般FFPE样本,染色成像质量相对更好,切片厚度4 μm,4 ℃低温寄送即可。OCT包埋,一般OCT冰冻组织样本,切片厚度10 μm,需要干冰寄送。
可以,一般建议同一份样本提供不少于5张连续切片,用于预实验、正式实验及备用,样品需要贴在空间组学专用膜片上,需要避免切片上出现划痕、褶皱和杂质等影响成像质量和细胞定位。